W JIGSAW CMS zastosowano podział na trzy warstwy: warstwę logiczną (PHP), warstwę treści (zawartość merytoryczna serwisu) oraz warstwę prezentacji (HTML i CSS). Podejście takie pozwala uzyskać swobodę i oszczędzić czas podczas dokonywania zmian w każdej z trzech wyżej wymienionych warstw bez ingerencji w pozostałe, unikając przy tym niechcianych efektów ubocznych.