Zamknięcie kodu źródłowego systemu JIGSAW CMS oraz możliwość stosowania szyfrowanych połączeń z wykorzystaniem SSL pozwalają uzyskać jeden z najwyższych dostępnych poziomów bezpieczeństwa systemu internetowego. W przeciwieństwie do popularnych systemów z otwartym źródłem, takich jak np.: Postnuke, Joomla, czy Mambo, JIGSAW CMS nie udostępnia swojego kodu źródłowego osobom postronnym, mogącym umieścić w Internecie informacje o czułych punktach systemu. Dostęp do kodu mają jedynie twórcy, dla których bezpieczeństwo JIGSAW CMS jest najważniejsze.